Bütün bu tedaviler uygulanmasına rağmen hasta istenilen cevabı vermeyebilir. Bu durumda yumurtalarda istenilen gelişme gözlenemeyebilir ve hastalar beklenen yanıtı vermeyebilir. Bu vakalarda tedavini sonlanması ve yeni bir tedaviye başlanması gerekebilir. Bazı hastalarda istenilen yumurtalık yeterliliğine hiçbir zaman ulaşılamaz. Bu hastalarda doktorun isteği doğrultusunda tedavi tamamen sonlandırılır.
Yumurtaların toplanacağı gün içlerinde olgunlaşmış folikler bulunsa bile
içlerinden yumurta temin edilememe ihtimali vardır. Zamansız çatlayan
yumurtaların yumurta toplama gününden önce çatlaması buna sebep olur. Bu olması
istenmeyen bir durum olsa da genellikle yaşı ilerlemiş ve yumurta üretimi
azalmış kadılarda görülür. Nadiren de olsa boş folikül
sendromuyla karşılaşılabilir bu durum içerisinde yumurta olmamış folikül
toplanmasına denir. Bu vakayla %1 den daha az karşılaşılır.
Foliküllerden toplanan yumurtalar döllenmeyebilir. Bu durumla karşılaşılması mikroenjeksiyon yöntemi kullanılarak aşılsa da nadiren karşılaşılmaktadır. Hastaların %2 ile %5 inde normalin dışında yumurtalar veya anormal spermlerden dolayı döllenme gerçekleşmez.
Çok nadiren de olsa bazı yumurtalar döllense bile bölünmeyebilir bu durumda sayıca az ve kalitesi çok kötü olan yumurtalarda ortaya çıkabilir.
Erkekte ameliyat yapılmasına rağmen sperm bulunamayabilir. Bu duruma azosperm denir ve bu durumla karşılaşıldığında kadından yumurta toplama işlemi yapılmadan tedavi sonlandırılır.
Preimplantasyon genetik tanı (PGD) yapılan ancak normal gelişim göstermeyen embriyolar bulunmuşsa bu durumda rahme transfer gerçekleştirilmez.
PGD analizleri düzgün olsa bile şayet HLA yani hücrelerin yapısı uyumlu değil ise embriyonakli yapılamaz. Yani hem PGD hem de HLA testlerini geçen embriyolar nakledilebilir.
Tüp bebek tedavisi kadının yumurtalık yeterliliği ve kalitesi, erkeğin sperminin kalitesi ve canlılığı el verdiğince yani sağlıklı embriyo temin edilip nakli sağlanabildiği sürece arzu edildiği kadar yapılabilecek sınırlaması kişiye bağlı olan bir tedavi yöntemidir. Tedavinin maliyetini düşürmesi açısından elde edilen sağlıklı embriyolar dondurulup daha sonraki transferler de kullanılabilir. Böylelikle kadının alacağı ilaç dozajı düşürülmüş de olur. Dondurulan embriyoları ya da her defasında elde edilecek taze embriyoların yılda dört defayı geçmeyecek şekilde transferi sağlanabilir.
Döllenmiş yumurtaların gelişimi ve beslenmesi tutunduğu rahim duvarı tarafından sağlanır. Rahim duvarının zarı gerektiğinden kalın ise buraya tutunamaz ve gebelikoluşmaz. Bu zarın inceltilmesi ya da embriyonun tutunabileceği bir delik açılması için kullanılan ilaç yöntemlerinin yanı sıra günümüzde bu işlem lazerle de yapılmaktadır.